第一，是疫苗预防的局限性问题。疫苗（无论活疫苗还是灭活疫苗）都是由病毒制成的，也就是说，疫苗是由那种病毒制成的，接种后就只能预防那种病毒病，对其他的病则没有直接的预防和治疗效果。
第二，是隐性感染导致的疫苗接种失败的问题。所谓隐性感染，是指鸽子被病原体感染后，自身产生一定的抗体（抗体水平较低），抗体与病原体之间达到一个相对平衡状态，在外观上鸽子没有任何生病的症状，但是在鸽子体内可以检测出抗体与病原体。隐性感染不是一成不变的，它会向两个方向发展：抗体水平增高，鸽子就会康复；抗体水平降低，鸽子就会发病。如果在隐性感染时期注射疫苗，疫苗就会中和掉鸽子原有的一点抗体，导致鸽子马上发病；即使鸽子当时没有发病，疫苗也因为被抗体中和而起不到诱发鸽子产生抗体的作用。
对这个问题的解决方法就是，在注射疫苗前先用瘟痢停清理2-3天，再用强化肝精2天，一个星期后再接种疫苗。
第三，就是疫苗的质量问题。当疫苗在静置10-15分钟后，如果出现了上下分层的情况，建议不要使用。灭活油乳剂疫苗由于是死疫苗，对温度的要求不是太高，但在运输和保存时还是要按照要求进行，而且要避免阳光照射。另外，注射前要使疫苗达致室温（20度左右）再注射，否则容易导致针孔发炎，致使免疫失败。
第四，个体对疫苗的敏感性问题。不同的鸽子品系对疫苗反应的敏感性不一样。同样的疫苗同样接种不同的鸽子，监测到的抗体水平并不是都一样，对于抗体水平不达标的鸽子，应再次加强免疫一次。
由于大部分鸽友不具备监测抗体的条件，所以建议，以前有过免疫失败情况的鸽友，以后采取两次免疫，间隔一个月。
第五，接种剂量与部位的问题，严格按照厂家的说明进行操作，不要随意加大或减少用量。
第六，应激反应的问题。由于接种过程（尤其是抓鸽子）对鸽子来说是一个非常严重的刺激，往往会导致鸽子产生应激反应，致使免疫失败，严重的甚至会因为应激反应导致个别鸽子生病或者当场死亡（相当于被吓死了）。
在接种疫苗前使用2-3天益酶多维电解质，可以在很大程度上防止应激反应的发生。
第七，病毒的变异问题。病毒几乎每两小时就可以完成一次传代，所以他的变异也是很快的，疫苗总是随着病毒的产生和变异而发展的，这是受目前的科技水平所制约的。（就像流感疫苗很久以前就有，但是甲型流感疫苗最近才出来一样。但是动物疫苗的研究进展远远赶不上人的。）
还有一些其他方面的原因，由于不是普遍原因，在这里就不多说。