肠道是体内最大的微生态环境，正常情况下，肠道菌群处于一种动态平衡状态，是维护机体健康的天然防线。肠道菌群并非是生来就有的，雏鸽未出壳时，肠道内几乎是无菌状态。出壳后的几天内，细菌经由饮水、采食以及空气吸入等途径进入体内，并在肠道内定植，形成最初的肠道菌群。随着日后生长，肠道菌群的种类结构逐渐趋于稳定，最终形成成熟的肠道菌群。
肠道内如此之多的细菌，并非杂乱无序地驻扎在肠道内，而是具有一定的组成结构。据统计，肠道内有乳酸杆菌、双歧杆菌、大肠杆菌、拟气杆菌、产气荚膜杆菌、梭菌、变形杆菌、葡萄球菌、链球菌等多达100多种细菌，总计约10万亿个。其中乳酸杆菌起着防火墙的作用，数量最多，双歧杆菌比大肠杆菌多1000倍，约1000亿个。
这些细菌根据其在肠道内不同的生理功能被分为三大类：有益菌、中性菌和有害菌。有益菌，也叫共生菌，简单讲：机体为细菌的生活提供生存场所和营养，这些有益菌为机体产生有益物质并保护赛鸽健康。前面所说的双歧杆菌、乳酸菌、拟杆菌等就是有益菌的典型例子。有益菌一般都是专性厌氧菌，从数量上说它是肠道菌群的主体。
中性菌，也叫条件致病菌，在肠道菌群内数量较少。它们从功能上来说是肠道内的“看客”。正常条件下，由于大量有益菌的存在，这些“看客”并不容易大量繁殖造成危害。但若有益菌减少，任由中性菌繁殖，就会对机体产生不良影响。肠道菌群中，常见的条件致病菌大多是肠球菌、肠杆菌等。
肠道内还有那么一小部分微生物，它们一般不常驻在肠道内，但若不慎摄入，则有可能在肠道内大量繁殖，破坏肠粘膜，引发疾病。这些微生物就是有害菌，也叫致病菌，例如沙门氏菌、致病性大肠杆菌、霉菌等。
由此可见，正是由于有益菌占据了肠道菌群的主导地位，才能抑制中性菌，不至于其变为致病菌，并防止致病菌的侵扰。对于机体来说，维持肠道菌群处于正常的平衡之中，是保证机体健康的重要一环。若菌群结构发生异常，则可能带来很多潜在的健康问题。
当饲养管理、营养水平、接种疫苗、天气突变、强力用药等各类应激因素作用于机体，则肠道菌群间的动态平衡被打破，致病菌得以滋生，有益菌受到抑制，有害细菌产生的毒素被肠壁细胞吸收后引起慢性中毒，肠道吸收功能受阻、负荷增重，肠道性疾病如消化不良、腹泻、水便、绿便等病症就会发生。